Paralelamente a los programas educativos de Estimulación Temprana(0 a 2 años), Inicial (3, 4 y 5 años), Primaria y Secundaria; Aprendo Contigo cuenta con muchos programas complementarios tanto para los niños como para los padres, en los locales a los cuales asiste.

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• Programa de Verano: Durante el periodo de vacaciones escolares, cada semana se desarrolla un proyecto en base a los temas motivadores programados.

• Taller de Teatro y Títeres: Especialistas, voluntarios y asistentes educativos dictan talleres de teatro y títeres.

• Pinta Pinta: En este taller profesoras de arte enseñan a pintar a los niños. Los cuadritos decoran los pasillos del hospital y son utilizados también para elaborar los productos pro-fondos de la campaña de Navidad. Los cuadritos elaborados en el INEN son enviados cada año a Estados Unidos para participar en el concurso "Making a Mark" que organiza el Texas Children´s Cancer Center de Houston, habiendo sido premiados en diferentes oportunidades.

• Taller de Tejido para las Mamás: En las diferentes aulas se les entrega a las mamás material de tejido con el fin de hacerles mas llevaderas las largas horas de espera en el hospital.

• Taller de manualidades para Padres: Estos se ofrecen en las diferentes aulas.

• Material de lectura y vídeo para niños y padres: Aprendo Contigo proporciona a los padres de los niños material de lectura y video para llenar la largas horas de espera en el hospital. Cuentan con material informativo sobre salud, bienestar y entretenimiento.

• Entrega de Pipos: Gracias a la empresa Vainsa, cada niño que es hospitalizado, recibe un muñeco Pipo, símbolo  del programa, que le servirá de amigo y compañero durante su estadía y tratamiento.

• Celebración de cumpleaños: El programa celebra el cumpleaños de cada niño que se encuentra internado con globos y un pequeño regalo.